Ces dernières années, on entend de plus en plus parler du microbiote intestinal. Ce « petit monde » invisible, peuplé de milliards de micro-organismes, joue un rôle essentiel dans notre santé. Digestion, immunité, équilibre hormonal, humeur… il influence tout, ou presque ! En tant que diététicienne spécialisée en santé de la femme (endométriose, SOPK, SPM, fertilité) et en troubles digestifs chroniques (SII, MICI), je t’explique dans cet article comment prendre soin de ta flore intestinale de manière naturelle, via l’alimentation, l’hygiène de vie… et parfois quelques compléments bien choisis.
Microbiote : définition, rôles et types
Tu as sûrement déjà entendu parler de la flore intestinale : il s'agit en réalité d'une partie du microbiote intestinal, un ensemble de micro-organismes (bactéries, levures, virus…) qui vivent naturellement dans notre corps.
Il existe plusieurs types de microbiotes selon la zone du corps : intestins, peau, bouche, vagin, poumons… Mais celui de l’intestin est le plus dense, le plus diversifié et le plus influent sur notre santé.
Sa composition est unique à chacun(e) et évolue au fil de la vie, selon de nombreux facteurs comme l'alimentation, le stress, l'environnement ou la prise de médicaments. Et c’est justement cette composition qu’on cherche à préserver - ou à rééquilibrer - lorsqu’apparaissent des troubles digestifs, hormonaux ou immunitaires.
Pourquoi un microbiote déséquilibré nuit à ta santé ?
Un microbiote intestinal équilibré, c’est un peu comme une équipe bien rodée : chaque micro-organisme remplit son rôle, et tout fonctionne à merveille ! Il facilite la digestion, protège la muqueuse intestinale, participe à la synthèse de certaines vitamines, régule le système immunitaire et influence même notre humeur via l’axe intestin-cerveau.
Mais quand cet équilibre est perturbé - par le stress chronique, la prise d'antibiotiques, une alimentation déséquilibrée ou un manque de fibres - le microbiote peut se désorganiser. Résultat : ballonnements, transit irrégulier, infections à répétition, inflammations, fatigue… voire troubles hormonaux ou douleurs chroniques, notamment chez les femmes atteintes d’endométriose ou de SOPK.
Voilà pourquoi préserver son microbiote intestinal est un véritable pilier de santé globale.
Probiotiques et prébiotiques : quelles différences et quels bienfaits ?
On entend souvent parler de probiotiques, un peu moins des prébiotiques… Pourtant, ils forment une équipe inséparable pour soutenir ta flore intestinale. Voyons cela ensemble.
Probiotiques : ces bonnes bactéries qui te veulent du bien
Les probiotiques sont des micro-organismes vivants, essentiellement des bactéries ou des levures, qui vont renforcer ton microbiote intestinal en colonisant temporairement l’intestin. Leur rôle est de soutenir les bonnes bactéries déjà présentes, limiter le développement de germes indésirables et participer à la bonne santé de ta muqueuse intestinale.
Mais attention : tous les probiotiques ne se valent pas. Je te conseille de te renseigner auprès de professionnels de santé avant de les choisir.
Prébiotiques : la nourriture préférée de tes bonnes bactéries
Les prébiotiques, ce ne sont pas des bactéries, mais des fibres non digestibles que tes bonnes bactéries intestinales adorent. Ce sont leur carburant : elles les fermentent pour produire des composés bénéfiques, comme les acides gras à chaîne courte, qui soutiennent la santé de ton intestin.
Quand tu consommes des prébiotiques régulièrement, tu favorises une flore intestinale plus riche, plus diversifiée et plus résistante.
Où les trouver dans l’alimentation ?
La bonne nouvelle, c’est que tu peux facilement soutenir ta flore intestinale via ton alimentation.
Sources naturelles de probiotiques :
- Kéfir (de lait ou d’eau)
- Yaourt fermenté au lait cru (ou végétal s’il contient des souches ajoutées)
- Choucroute crue (non pasteurisée)
- Miso, tempeh, natto
- Kombucha
Sources naturelles de prébiotiques :
- Ail, oignon, poireau, topinambour
- Asperges, artichauts, banane pas trop mûre
- Légumineuses (lentilles, pois chiches…)
- Céréales complètes (avoine, seigle, orge)
- Graines de lin, graines de chia
💡L’astuce ? Varie au maximum ton alimentation : c’est la diversité des fibres et ferments qui fera la richesse de ton microbiote intestinal.
Des alliés complémentaires
Les probiotiques et les prébiotiques fonctionnent main dans la main. Les premiers amènent des bactéries utiles, les seconds nourrissent ces bactéries pour qu’elles puissent s’installer durablement.
Cette complémentarité est d’ailleurs utilisée dans certains compléments appelés symbiotiques, qui associent directement les deux. Ils peuvent être utiles dans certains cas, mais leur usage doit rester ciblé.
🧠 À retenir : prébiotiques, probiotiques et santé du microbiote intestinal
✅ Probiotiques = micro-organismes vivants (bactéries/levures) qui soutiennent ta flore intestinale.
✅ Prébiotiques = fibres non digestibles qui nourrissent les bonnes bactéries de ton microbiote intestinal.
🍽️ Tu peux les trouver dans des aliments fermentés (kéfir, miso, kombucha…) et des végétaux riches en fibres (ail, oignon, banane, légumineuses…).
🔁 Leur synergie est essentielle : ensemble, ils favorisent une flore plus diversifiée, plus résistante, bénéfique pour ta santé digestive, hormonale et immunitaire.
💊 Certains compléments “symbiotiques” combinent les deux — à utiliser si besoin, sur conseil d’un professionnel.
Alimentation et Microbiote Intestinal : Quels Aliments Favorisent un Équilibre Digestif Optimal ?
L’alimentation, c’est le carburant de ton microbiote intestinal. Ce que tu manges au quotidien influence directement la diversité et la santé de ta flore intestinale. Certains aliments vont nourrir tes bonnes bactéries, d’autres, au contraire, les déséquilibrer. Alors, que mettre dans son assiette ?
Les meilleurs aliments pour un microbiote sain et diversifié
1 - Les aliments fermentés : ils sont une excellente source de probiotiques, des bonnes bactéries qui nourrissent et renforcent ton microbiote.
- Kéfir de lait ou d’eau
- Yaourts fermentés (évite ceux qui sont sucrés)
- Choucroute crue (non pasteurisée)
- Kimchi, miso, tempeh, natto
- Kombucha
2 - Les fibres prébiotiques naturelles : ces fibres sont des nourritures essentielles pour tes bonnes bactéries intestinales.
- Légumes riches en inuline : ail, oignon, poireau, topinambour, asperge
- Fruits comme la banane (surtout peu mûre), la pomme, la grenade
- Légumineuses : lentilles, pois chiches, haricots
- Céréales complètes : avoine, orge, seigle
3 - Les bonnes graisses : dont notamment les oméga-3 qui ont un effet anti-inflammatoire qui soutient l'équilibre du microbiote intestinal :
- Poissons gras (sardines, maquereaux, saumon sauvage)
- Huiles végétales de qualité (lin, colza, caméline, noix, chanvre)
- Graines de lin, graines de chia, noix
4 - Les aliments variés, de saison, peu transformés
Varier les couleurs, les textures, les goûts = diversité des nutriments pour ta flore intestinale. Si tu nourris ton microbiote de façon trop monotone, il risque de devenir appauvri. L’idée n’est pas de manger « parfait », mais varié et vivant.
💡 Si tu consommes des aliments fermentés : choisis-les non pasteurisés car sinon les bonnes bactéries sont détruites.
💡Intègre les fibres progressivement, surtout si ton intestin est sensible, pour éviter les ballonnements.
Les aliments à limiter pour préserver ton microbiote intestinal
Certains aliments et substances peuvent perturber ton microbiote s’ils sont consommés trop souvent ou en excès. Il ne s’agit pas de tout bannir, mais de réduire leur fréquence :
1 - Le sucre (et les faux sucres)
Les sucres raffinés nourrissent les mauvaises bactéries et levures, comme Candida albicans. Même chose pour certains édulcorants (sorbitol, sucralose…), qui peuvent déranger le transit.
2 - Les produits ultra-transformés
Les produits ultra-transformés sont souvent très pratiques et peut être savoureux, mais ils peuvent sérieusement perturber l'équilibre de ton microbiote intestinal.
- Ces produits contiennent généralement peu ou pas de fibres, essentielles pour nourrir tes bonnes bactéries. Sans fibres, ton microbiote manque de "carburant" pour fonctionner correctement, ce qui peut entraîner une flore intestinale moins diversifiée et moins résistante.
- Les produits ultra-transformés sont souvent remplis de conservateurs, de colorants, d'édulcorants artificiels et d'autres additifs. Ces substances peuvent avoir un effet néfaste sur la flore intestinale en déséquilibrant les bonnes bactéries et en favorisant la prolifération de mauvaises bactéries.
- Ces aliments sont aussi souvent riches en graisses saturées, en sucres raffinés et en sel, ce qui peut entraîner une inflammation chronique à long terme. L'inflammation intestinale perturbe la perméabilité de la muqueuse intestinale (ce que l'on appelle souvent "le syndrome de l'intestin perméable"), ce qui peut laisser passer des toxines et des agents pathogènes dans le corps.
- L'alimentation ultra-transformée est souvent appauvrie en nutriments essentiels. Une alimentation riche en produits transformés peut limiter la diversité des vitamines, minéraux et phytonutriments nécessaires pour nourrir ton microbiote et soutenir une bonne santé digestive.
3 - L’alcool
En excès, il irrite la muqueuse intestinale, favorise la perméabilité intestinale et déséquilibre ta flore intestinale.
4 - Les antibiotiques (et certains médicaments)
Ils peuvent être indispensables à certains moments (pas de doute là-dessus!), mais ils détruisent aussi les bonnes bactéries. Si tu dois en prendre, pense à rééquilibrer ton microbiote ensuite (alimentation + probiotiques).
L’idée, c’est d’écouter ton corps et de lui donner ce dont il a besoin pour t’aider à te sentir bien, de l’intérieur.
Hygiène de vie : 5 habitudes qui boostent ton microbiote intestinal
Au-delà de l’alimentation, certaines habitudes peuvent avoir un impact positif sur ta flore intestinale. Voici 5 habitudes à adopter :
1 - Gère ton stress : Le stress chronique perturbe ta perméabilité intestinale et peut altérer l'équilibre du microbiote intestinal. Essaie la méditation ou des exercices de respiration comme la cohérence cardiaque pour apaiser ton esprit et ton ventre.
2 - Soigne ton sommeil : Un bon sommeil soutient l'équilibre de ton microbiote intestinal. Arrête les écrans 1h avant de te coucher et opte pour des lumières tamisées. Une routine apaisante (comme une tisane ou un bain chaud) signalera à ton corps qu'il est temps de se reposer.
3 - Bouge régulièrement : L’activité physique modérée favorise une flore intestinale diversifiée, ce qui soutient ta digestion et ton bien-être. Même une simple marche quotidienne peut faire la différence, surtout si tu passes beaucoup de temps en position assise.
4 - Rapproche-toi de la nature : Marcher en forêt, jardiner ou simplement être en contact avec des environnements non aseptisés permet à ton microbiote d’entrer en contact avec des micro-organismes bénéfiques qui renforcent sa diversité.
5 - Réduis les perturbateurs endocriniens : Certains produits ménagers et cosmétiques contenant des antibactériens ou des plastiques peuvent perturber ton équilibre hormonal et indirectement ton microbiote. Prends l’habitude de remplacer progressivement ces produits par des alternatives naturelles et douces.
Compléments alimentaires pour le microbiote : utiles ou superflus ?
Tu te demandes peut-être s’il faut forcément passer par des compléments pour prendre soin de ta flore intestinale. La réponse courte : pas toujours, mais parfois oui, et pas n’importe comment. Voici quand, comment et avec quoi te complémenter si besoin.
Quand utiliser des compléments pour ton microbiote ?
L’idéal est toujours de privilégier une alimentation variée et une bonne hygiène de vie pour maintenir un microbiote intestinal équilibré. Cependant, dans certains cas, des compléments peuvent vraiment faire la différence :
- Après une prise d’antibiotiques : Les antibiotiques ne font pas la différence entre « bonnes » et « mauvaises » bactéries. Résultat : ta flore peut se retrouver appauvrie.
- En cas de troubles digestifs chroniques : Ballonnements, coliques, diarrhées ou constipation fréquente.
- Si tu souffres d’inflammations intestinales : Syndrome de l’intestin irritable (SII), maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), candidose, etc.
- Immunité affaiblie ou infections à répétition : Mycoses, cystites, etc.
- Pathologies hormonales : Comme le SOPK ou l’endométriose, où un déséquilibre du microbiote peut aggraver les symptômes.
Dans ces situations, les compléments peuvent venir soutenir, réparer ou repeupler ta flore intestinale. Mais pas question de les choisir au hasard !
Quels types de compléments peuvent être utiles ?
Voici les compléments les plus utilisés et leur rôle dans l'équilibre du microbiote :
Les probiotiques
Les probiotiques apportent directement des bonnes bactéries. Choisis-les avec plusieurs souches (multisouches) et vérifie le nombre de CFU (au moins 10 milliards par dose). La forme gastro-résistante est un plus, car elle permet aux bactéries de survivre jusqu’à l’intestin.
Les prébiotiques
Ce sont des fibres alimentaires qui nourrissent tes bonnes bactéries. Les prébiotiques sont souvent disponibles sous forme de poudre ou de gélules (inuline, FOS, GOS...). Attention à les introduire progressivement dans ton alimentation pour éviter les ballonnements, surtout si ton intestin est sensible.
Autres compléments utiles :
- La glutamine : Un acide aminé qui soutient la réparation de la muqueuse intestinale, particulièrement utile après des troubles digestifs ou du stress.
- Le fucosyllactose (2-FL) : Un sucre naturellement présent dans le lait maternel, intéressant dans certains cas (inflammations, troubles immunitaires), mais inutile si ta flore est déjà bien équilibrée.
Bien choisir ses compléments : quelques conseils
- Demande-toi pourquoi tu veux te complémenter : Si tu n’as pas de symptômes particuliers, commence par améliorer ton alimentation et ton hygiène de vie.
- Choisis des marques sérieuses : Vérifie les souches identifiées, les dosages précis, et assure-toi qu’il n’y ait pas d’additifs inutiles.
- Ne prends pas de compléments en continu : En général, une cure de 1 à 3 mois est suffisante, avec des pauses selon ton ressenti.
- Évite l’auto-prescription : Certains compléments peuvent aggraver les symptômes en cas de déséquilibre de la flore (par exemple, dans le cas d’un SIBO ou d’une candidose).
Pourquoi consulter une diététicienne pour équilibrer ton microbiote ?
Il y a tellement d’informations sur le microbiote, les probiotiques, les aliments « bons pour l’intestin »… qu’il peut être difficile de savoir quoi croire ou par où commencer. Et c’est normal ! C’est justement là qu’un accompagnement par une diététicienne spécialisée peut faire toute la différence.
Parce que ton microbiote est unique
Ton microbiote n’est pas celui de ta sœur, de ta collègue ou de ta voisine. Il est influencé par ton âge, ton alimentation, ton niveau de stress, ton historique médical, ton mode de vie… Une diététicienne prend tout cela en compte pour te proposer un plan alimentaire et des conseils 100 % personnalisés, que tu pourras intégrer facilement à ton quotidien.
💡 C’est encore plus important si tu souffres de :
- SII, MICI, candidose, mycoses récidivantes, etc.
- SOPK, endométriose ou troubles hormonaux liés à l’inflammation ou à un déséquilibre du microbiote.
Pour éviter les erreurs (même bien intentionnées)
Tu as peut-être déjà tenté un régime « spécial intestin », une cure de probiotiques achetée sur internet, ou supprimé certains aliments pensant bien faire, mais sans résultat... et parfois, cela peut même aggraver les symptômes. Le souci, c’est qu’il n’y a pas de solution miracle ni universelle.
Une diététicienne t’aide à :
- Eviter les régimes restrictifs inutiles,
- Identifier ce qui déséquilibre vraiment ta flore,
- Ajuster ton alimentation sans frustration ni carence.
Pour choisir les bons compléments (et pas au hasard)
On en a parlé plus haut : les probiotiques, prébiotiques, glutamine ou autres compléments peuvent être très utiles… à condition de bien les choisir et de les utiliser au bon moment. Une consultation diététique pourra t’aider à :
- Choisir des produits fiables et adaptés à ta situation,
- Déterminer la posologie, la durée et le moment idéal pour les prendre,
- Comprendre s’ils sont vraiment utiles dans ton cas (par exemple, le fucosyllactose ne sera pas utile à tout le monde).
Pour ancrer des changements durables
Prendre soin de ton microbiote, c’est un engagement sur le long terme. Ce n’est pas une simple cure de 15 jours, mais une démarche globale pour améliorer ton bien-être au quotidien. Avec un suivi personnalisé, tu pourras :
- Intégrer les bons réflexes petit à petit
- Ajuster ton alimentation en fonction de tes évolutions,
- Te sentir soutenu·e et motivé·e dans ton parcours.
Ton microbiote intestinal, c’est un pilier de ta santé : digestion, immunité, énergie, humeur… tout est lié. En adoptant une alimentation vivante et variée, une hygiène de vie bienveillante et, si besoin, des compléments ciblés, tu peux vraiment améliorer ton bien-être au quotidien. Et si tu as besoin d’un coup de main, je suis là pour t’accompagner !
Conclusion
En résumé, prendre soin de ton microbiote est essentiel pour maintenir une bonne santé digestive, immunitaire et même émotionnelle. Une alimentation équilibrée, une hygiène de vie adaptée, et, si nécessaire, des compléments ciblés peuvent faire toute la différence. Chaque microbiote est unique, et l'accompagnement par une diététicienne spécialisée peut t'aider à trouver l'approche la plus adaptée à ta situation. N'oublie pas, la clé réside dans la constance et la personnalisation de ton parcours vers une flore intestinale saine et équilibrée.
En cas de troubles digestifs chroniques, il est important de consulter un gastro-entérologue pour un avis médical approfondi. Si tu as des questions ou si tu veux être accompagné·e dans cette démarche, je suis là pour t'aider à prendre soin de toi, de l'intérieur !
Pour approfondir tes connaissances sur le microbiote et découvrir des conseils pratiques pour le maintenir en bonne santé, je te recommande vivement le livre Incroyable microbiote du Dr Julien Scanzi. Il offre des explications claires et des solutions concrètes basées sur les dernières recherches scientifiques.
Si tu souhaites aller plus loin et découvrir comment améliorer ton alimentation, je t’accompagne avec plaisir. Prends rendez-vous directement sur Doctolib.
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✨ Un grand merci à Louise Mailleau, étudiante diététicienne, pour sa précieuse collaboration sur cet article ! Retrouve-la sur Instagram @faimde.lou pour encore plus de contenu inspirant sur la nutrition et le bien-être.
Sources fiables pour aller plus loin :
Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Article : Le microbiote intestinal : rôle et impact sur la santé
Lien : https://www.inserm.fr
Organisation Mondiale de la Santé (OMS)
Article : Probiotics and prebiotics: health benefits and potential risks
Lien : https://www.who.int
Haute Autorité de Santé (HAS)
Article : Prise en charge des troubles digestifs fonctionnels
Lien : https://www.has-sante.fr
National Institutes of Health (NIH)
Article : The Human Microbiome Project
Lien : https://www.nih.gov
Journal of Clinical Gastroenterology
Article : Gut Microbiota in Health and Disease
Lien : https://journals.lww.com
British Medical Journal (BMJ)
Article : Probiotics for the prevention of gastrointestinal disorders
Lien : https://www.bmj.com
Harvard T.H. Chan School of Public Health
Article : The Microbiome: A New Frontier in Health and Medicine
Lien : https://www.hsph.harvard.edu